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Apprentissage automatique pour le diagnostic numérique de la résistance aux antimicrobiens

Si aucune mesure n’est prise, la résistance aux antimicrobiens (RAM) coûtera 100 mille milliards de dollars et fera 10 millions de victimes par an d’ici 2050. Les facteurs à l’origine de la RAM ne se limitent pas aux soins de santé humaine, mais elles ont des répercussions sur la médecine vétérinaire, l’agriculture et l’environnement. Les approches nouvelles et améliorées pour s’attaquer à la RAM comprennent une meilleure surveillance, l’utilisation rationnelle des médicaments, différents modèles commerciaux pour produire des antibiotiques, l’innovation à tous les niveaux et, surtout, une approche globale.

Ce projet réunit une équipe transnationale (Canada, Chine, Finlande, France) pour appliquer de nouvelles approches d’apprentissage automatique permettant un diagnostic plus rapide et un meilleur suivi de la résistance. Dans un premier temps, l’accent sera mis sur deux grands pathogènes mondiaux qui ont développé une multirésistance aux médicaments : Pseudomonas aeruginosa et Streptococcus pneumoniae. L’équipe de recherche élaborera l’apprentissage automatique qui peut orienter le choix du traitement en évaluant le niveau de résistance, en fournissant une justification pour la production de nouveaux antibiotiques et en aidant à la surveillance de la résistance aux antimicrobiens chez l’homme et le bétail.

Il s’agit de l’un des cinq projets financés par le CRDI qui ont été élaborés dans le cadre de la Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance (JPIAMR), une plateforme collaborative internationale qui coordonne le financement mondial pour appuyer la recherche et l’action concertées sur la résistance aux antimicrobiens. Par l’intermédiaire de la JPIAMR, le CRDI s’est associé à 18 autres organismes donateurs pour financer des projets de recherche novateurs sur les stratégies, ainsi que les outils et les technologies de diagnostic et de surveillance pouvant servir à la détection et au suivi de la résistance aux antimicrobiens chez les humains, les animaux et dans l’environnement, en particulier dans les pays à revenu faible et à revenu intermédiaire.

No projet
109282
État du projet
Actif
Durée
36 months
Agent(e) responsable du crdi
Armando Heriazon
Financement total
CA$ 420,800.00
Emplacement
Chine
Programmes
Systèmes alimentaires résilients au climat
Systèmes alimentaires résilients au climat
Pays de l’institution
China
Chargé(e) de projet
Jie Feng
Institution
Institute of Microbiology

Résultats

Streptococcus sputorum, a novel member of Streptococcus with multidrug resistance, exhibits cytotoxicity

Streptococcus sputorum, a novel member of Streptococcus with multidrug resistance, exhibits cytotoxicity

Article

We describe the genomic and phenotypic characteristics of a novel member of Streptococcus with multidrug resistance (MDR) isolated from hospital samples. Strains SP218 and SP219 were identified as a novel Streptococcus, S. sputorum, using whole-genome sequencing and biochemical tests. Average nucleotide identity values of strains SP218 and SP219 with S. pseudopneumoniae IS7493 and S. pneumoniae ST556 were 94.3% and 93.3%, respectively. Genome-to-genome distance values of strains SP218 and SP219 with S. pseudopneumoniae IS7493 and S. pneumoniae ST556 were 56.70% (54–59.5%) and 56.40% (52.8–59.9%), respectively. The biochemical test results distinguished these strains from S. pseudopneumoniae and S. pneumoniae, particularly hydrolysis of equine urate and utilization of ribose to produce acid. These isolates were resistant to six major classes of antibiotics, which correlated with horizontal gene transfer and mutation. Notably, strain SP219 exhibited cytotoxicity against human lung epithelial cell line A549. Our results indicate the pathogenic potential of S. sputorum, and provide valuable insights into mitis group of streptococci.

Auteur ou autrice(s) : Chao, Wang, Yuan, Zeng, Mengyu, Wei, Lanqing, Cui, Yuqin, Song, Gang, Zhang, Yun, Li, Jie, Feng

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Langage : Anglais